Відповідно до наказу Мінлісгоспу України від 15.06.1987 року була створена Київська міжобласна станція захисту лісу на базі Білоцерківського держлісгоспу.
Відповідно до наказу Мінлісгоспу України від 14.02.1992 року № 23 «Про вдосконалення управління захисту лісів від шкідників та хвороб» створено Київське спеціалізоване лісозахисне підприємство, яке засноване на державній власності.
Перейменоване у державне спеціалізоване лісозахисне підприємство «Київлісозахист» наказом Державного комітету лісового господарства України від 19.01.2006 року № 6 «Про удосконалення структури служби лісозахисту», належить до сфери управління Державного агентства лісових ресурсів України.
Наказом Державного агентства лісових ресурсів України № 311 від 31.10.2013 року «Про вдосконалення структури управління» державне спеціалізоване лісозахисне підприємство «Київлісозахист» виведене із сфери управління державного спеціалізованого лісозахисного об’єднання «Центрлісозахист» та підпорядковане безпосередньо Державному агентству лісових ресурсів України.